Ялиль Суюндуков родился 20 марта 1960 года в деревне Верхнемамбетово Баймакского района Башкирской АССР. С детства хорошо знал крестьянскую жизнь, родители воспитали в нем трудолюбие, уважение к людям труда.
В 1978 году Ялиль Суюндуков окончил Баймакскую школу-интернат и поступил на агрономический факультет Башкирского сельскохозяйственного института. В 1983 году он с отличием окончил институт. Во время учебы получал именную стипендию им. М. Горького, активно занимался наукой и спортом.
Трудовую деятельность начал ассистентом в БСХИ, поступил в аспирантуру. В 1989 году Ялиль Суюндуков успешно защитил диссертацию на актуальную тему «Влияние орошения на свойства и водный режим обыкновенных черноземов Зауралья Башкирии» в Институте почвоведения и агрохимии Сибирского отделения АН СССР в Новосибирске, и стал кандидатом биологических наук.
Затем молодой ученый работал ассистентом на кафедре земледелия и почвоведения БСХИ. В 1990-1994 годы продолжил научную деятельность старшим научным сотрудником отдела земледелия Башкирского научно-исследовательского института сельского хозяйства.
В последующие годы ученый много сделал для развития и становления учреждений высшей школы в Зауралье. В 1994 году Ялиль Суюндуков был приглашен на работу в Сибайский филиал Башкирского государственного пединститута (БГПИ), где трудился старшим преподавателем и доцентом кафедры естествознания. С 1994 по 1998 год являлся директором Сибайского филиала БГПИ. Затем работал на кафедрах естественных наук, агроэкологии Сибайского института (филиала) БашГУ. В 2001 году защитил докторскую диссертацию по теме «Экологически ориентированное управление плодородием почв Башкирского Зауралья» в Институте экологии Волжского бассейна РАН (г. Тольятти).
После этого Ялиль Тухватович продолжил свою деятельность заместителем директора по заочному обучению и профессором кафедры экологии Сибайского института БашГУ. Одновременно являлся директором Сибайского филиала Академии наук Республики Башкортостан и заведующим лабораторией экологии и рационального использования природных ресурсов Института региональных исследований.
В 2012 году Ялиля Суюндукова избрали член-корреспондентом республиканской Академии наук. Он входит в состав президиума Академии. Ныне он является директором Института региональных исследований Академии наук Башкортостана. Одновременно руководит Зауральским филиалом Башкирского государственного аграрного университета, преподает на кафедре экологии Сибайского института (филиала) БашГУ.
Область научной деятельности ученого агроэкология, изучение экологии сельского хозяйства и природных ресурсов республики, проблемы экологии почв и воспроизводства их плодородия, гидро- и фитомелиорация черноземов Зауралья. Ялиль Суюндуков впервые в Башкортостане изучил влияние орошения на водно-физические, химические свойства и водный режим почв Зауралья, определил оптимальные параметры экологически безопасного орошения степных черноземов. Ученый исследовал влияние различных способов обработки на свойства почвы, обосновал экологические нормативы использования черноземов Зауралья, разработал агроэкосистемную концепцию управления плодородием пахотных почв. Им предложена система реабилитации деградированных черноземов за счет использования мелиоративного потенциала автогенных восстановительных сукцессий растительности на залежах, в посевах многолетних трав, при создании агростепей, выполнен цикл исследований по изучению антропогенной деградации черноземов под влиянием предприятий горнорудной промышленности. Проведен анализ и выявлены особенности загрязнения зональных подтипов чернозема и растений Зауралья тяжелыми металлами.
Под руководством профессора Суюндукова успешно работает научно-исследовательская лаборатория экологии и рационального использования природных ресурсов при Институте региональных исследований. В рамках государственных научно-технических программ Республики Башкортостан проводятся исследования по горно-экологическим проблемам Зауралья с привлечением ученых ведущих вузов республики и России.
Ученый считается создателем Зауральской школы прикладной экологии, основным научным направлением которой является экологическая оптимизация влияния антропогенных факторов на сельскохозяйственные, городские и промышленные экосистемы зауральских районов.
Под руководством Ялиля Суюндукова защищены более 10 кандидатских и докторских диссертаций. Он автор более 200 научных трудов, ряда монографий, учебно-методических пособий. Ялиль Тухватович избран членом-корреспондентом Российской академии естествознания, входит во Всероссийское общество почвоведов им. В.В. Докучаева. Является членом ученого совета БГАУ, входит в состав диссертационных советов по защите кандидатских и докторских диссертаций при БГАУ и Институте биологии УНЦ РАН.
За большой вклад в развитие науки Ялилю Суюндукову присвоено почетное звание «Заслуженный деятель науки Республики Башкортостан».
Статьи об исследованиях ученого помещены в 6-й том Башкирской энциклопедии и энциклопедию «Ученые России».